Fontのライセンス
各フォント毎に著作権者がいます。PDFにフォントを埋め込む場合は、埋め込むフォントの著作権者がPDFファイルにフォントを埋め込む事を許諾している必要があります。
Windows OSのフォント
Windows OSにもともと組み込まれているフォントであっても、製造元のMicrosoftがライセンスを保有しているわけではないのです。 そのため、各フォントの著作権者のライセンスを確認する必要があります。各フォントの著作権者はフォントファイルのプロパティ情報を確認することでわかります。
「ＭＳ 明朝」の著作権者
Windows OSでよく使われる「ＭＳ 明朝」のライセンスは（株）リコーが保持しています。（株）リコーのホームページに「ＭＳ 明朝」についての記載があります。
ただし、（株）リコーのホームページに商用の使用料についての記載はなく、ゆず屋さんのページによると印刷物への使用料は無料に変わったそうです。（PDFへの埋め込みは不明です。）
（株）リコー - 「ＭＳゴシック」、「ＭＳ明朝」についてのお話
http://www.ricoh.co.jp/font/related_info/knowledge/fontknowledge01.html
ゆず屋 - [豆知識] MS明朝、MSゴシックは（今は）商用利用できる（印刷物で使用の場合）
http://yuzuya.style.coocan.jp/blog/archives/2010/12/22223803.php
無料でPDFファイルへのフォントの埋め込みが許可されているフォント
IPA（独立行政法人 情報処理推進機構）が提供している以下のフォントは無料でPDFファイルへのフォントの埋め込みが許可されています。
IPAexフォント
IPAフォント
http://ossipedia.ipa.go.jp/ipafont/index.html
IPAmj明朝フォント
（戸籍や住民基本台帳ネットワークシステムで必要とされる6万字を収録した特殊なフォントです。）
http://ossipedia.ipa.go.jp/ipamjfont/
IPAフォントライセンスv1.0
http://ipafont.ipa.go.jp/ipa_font_license_v1.html
よくある質問とその答え
http://ossipedia.ipa.go.jp/ipafont/faq.html
http://ossipedia.ipa.go.jp/ipamjfont/faq/index.html